Episodio 1
En el año 1939, la humanidad estaba al borde de la destrucción. Equipada con armas de poder devastador, una misteriosa raza alienígena conocida como los Neuroi comenzó una invasión de la Tierra, arrasando el planeta, aniquilando países y venciendo a los ejércitos humanos. Para contrarrestar esta fuerza aparentemente imparable, las potencias del mundo se unieron. Se produjo un nuevo dispositivo, llamado Unidad Striker, capaz de hacer frente a la tecnología Neuroi. Las chicas equipadas con la Unidad Striker se conocieron como las Brujas, formando la última línea de defensa de la humanidad. Comenzaron su lucha contra los Neuroi, utilizando sus ahora mejoradas habilidades mágicas y exhibiendo armas destructivas que ningún humano podía manejar. Avancemos a 1944: Yoshika Miyafuji es una joven adolescente que finalmente decide unirse a la 501ª Ala Conjunta de Cazas, conocida como las "Strike Witches". Sin embargo, sin entrenamiento formal, ¿podrá Miyafuji aprender a cooperar con sus compañeras Strike Witches? Y de ser así, ¿podrá salvar a la humanidad de la embestida Neuroi?