Episodio 1

Yumi Ikoma y Ryou Masaoka son niños que han sido seleccionados para participar en una misión de ultra secreto, para ser los pilotos de las primeras unidades de combate Fafner; la última oportunidad de supervivencia para la raza humana. El enemigo es implacable, sin piedad y es capaz de leer las mentes de los humanos. Por lo tanto, los detalles de esta misión se mantienen en secreto incluso para el personal involucrado. Los jóvenes pilotos deben usar todo su coraje y fe para sobrevivir y completar su misión, o el destino de la humanidad estaría comprometido.