Episodio 12

Después de destruir la Tierra hace muchos años, la raza alienígena Gauna ha estado persiguiendo a los restos de la humanidad, que, en una estrecha escapatoria, huyó a través de la galaxia en una serie de gigantescas naves semilla. En el año 3394, Nagate Tanikaze emerge de su solitude de toda la vida, que ha pasado en lo profundo de la nave semilla Sidonia, en busca de comida en los niveles superiores, solo para encontrarse arrastrado a eventos que se desarrollan sin su conocimiento. Cuando los Gauna comienzan su asalto a Sidonia, corresponde a Tanikaze, con la ayuda de sus compañeros soldados y amigos Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose y Yuhata Midorikawa, defender la última esperanza de supervivencia de la humanidad y derrotar a sus enemigos alienígenas. Sidonia no Kishi sigue a Tanikaze mientras descubre el mundo que ha estado por encima de él toda su vida y se convierte en el héroe que Sidonia necesita.