Episodio 1

Shinji Ikari queda emocionalmente en coma tras la muerte de un querido amigo. Con su hijo mentalmente incapaz de pilotar el robot humanoide Evangelion Unidad-01, Gendou Ikari y NERV compiten contra la organización sombra SEELE para ver quién puede llevar a cabo su plan definitivo primero. SEELE desea crear un ser divino fusionando sus propias almas en una unidad de Evangelion, mientras que Gendou quiere revertir a toda la humanidad a un solo ser primordial para poder reunirse con Yui, su esposa fallecida. SEELE desata sus fuerzas militares en una invasión letal de la sede de NERV. Mientras las fuerzas de SEELE acaban con los científicos y el personal de seguridad de NERV, Asuka Langley Souryuu pilota la Unidad-02 de Evangelion en una desesperada última resistencia contra el armamento más pesado de SEELE. La batalla continúa, y un deprimido Shinji se oculta en las profundidades de la sede de NERV. Con el destino del mundo en las manos de Shinji, la capitana Misato Katsuragi busca al adolescente mientras la sociedad se desmorona a su alrededor.