Episodio 1

A medida que la temporada cambia de primavera a verano, Makoto Yuuki permanece junto al Escuadrón de Ejecución Extracurricular Especializado (SEES). El equipo continúa derrotando a las Sombras grandes y pequeñas, pero ahora se enfrenta a un nuevo enemigo: Strega, un grupo de usuarios de Persona renegados que desean mantener la Hora Oscura a su favor; parece que Strega podría tener una pista sobre la verdadera naturaleza de la Hora Oscura. Mientras SEES disfruta de las vacaciones de verano en Yakushima, se les une Aegis, un androide amnésico diseñado para destruir Sombras. Si bien demuestra ser una poderosa aliada, se siente inexplicablemente atraída por Makoto y constantemente permanece a su lado. A medida que profundizan más en los misterios de la Hora Oscura, la naturaleza de la misteriosa conexión que une a estos dos se revela lentamente.