Episodio 27
En el año Cosmic Era 0071, la colonia espacial Heliopolis se mantiene neutral en la gran guerra que se desata en toda la galaxia entre los Coordinadores, seres humanos cuyos rasgos biológicos han sido alterados antes de nacer, y los Naturales, personas no alteradas que permanecen en el planeta Tierra. El profundo odio de los Naturales hacia los Coordinadores llevó a estos seres avanzados al espacio, buscando refugio en colonias hechas por el hombre. Kira Yamato es un Coordinador y estudiante universitario en Heliopolis, cuando su vida se ve alterada cuando ZAFT, la organización militar compuesta por Coordinadores rebeldes, ataca la colonia en un intento de robar un conjunto de cinco trajes móviles militares de última generación conocidos como Gundams. Mientras ZAFT logra escapar con cuatro de los trajes móviles, Kira toma el control del Gundam final, el Strike. Sobreviviendo a la batalla, Kira y sus amigos de la universidad se unen a la tripulación del Archangel, un barco operado por la Alianza Terrestre, y los jóvenes soldados experimentan los horrores de la guerra y la pérdida que conlleva.