Episodio 1

Tres años después de que se resolviera la conspiración del Proyecto Babilonia, los miembros de la unidad Patlabor de Kiichi Gotou han tomado caminos separados. Gotou permanece con el equipo de Patlabor, acompañado por Shinobu Nagumo, su enamorada y compañera. Aprovechando el escepticismo del público hacia las Fuerzas Terrestres de Autodefensa de Japón, una organización terrorista comienza a actuar desde dentro del ejército para causar destrucción y agitación civil masiva en todo Japón. Nagumo descubre que el cerebro detrás del creciente complot terrorista no es otro que Yukihito Tsuge, su antiguo mentor y amante. Gotou reconstituye su antiguo equipo de Patlabor, encabezado por la piloto Noa Izumi. Liderando al equipo en una misión para arrestar a Tsuge, Nagumo debe enfrentarse a sus complicadas relaciones pasadas para poder salvar a Japón.