Episodio 2

Grisaia no Rakuen comienza justo al final de la entrega anterior, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji es arrestado bajo sospecha de terrorismo. Un video muestra pruebas aparentemente concretas de que Yuuji cometió estos actos, y es detenido por Ichigaya. Ichigaya sabe muy bien que Yuuji no cometió los crímenes de los que se le acusa. Pero sí falló en asesinar a Heath Oslo, quien es el líder de la organización terrorista que posee un arma extremadamente devastadora. De hecho, Ichigaya tiene sus propios planes para Yuuji... Pero no todo puede estar perdido para Yuuji. Las chicas de la Academia Mihama no están dispuestas a permitir que Yuuji sea utilizado para beneficios políticos, y tampoco puede que la misteriosa nueva figura que aparece ante ellas.