Episodio 1
En 2015, la Organización de Seguridad Chaldea recurre a expertos de los campos mágico y mundano para observar el futuro de la humanidad en busca de posibles eventos de extinción. La supervivencia de la humanidad parece asegurada para el próximo siglo, hasta que de repente el veredicto cambia, y ahora la erradicación de la especie aguarda al final de 2016. La causa es desconocida, pero parece estar vinculada con la ciudad japonesa de Fuyuki y los eventos de 2004 durante la Quinta Guerra del Santo Grial. En respuesta, Chaldea utiliza un medio experimental de viaje en el tiempo, la tecnología Rayshift. Con ella, Ritsuka Fujimaru, un joven recién reclutado en la organización, y la misteriosa chica Mash Kyrielight pueden viajar de regreso a 2004 y descubrir cómo salvar a la humanidad. Se ha declarado una gran orden para luchar contra el destino: una orden para cambiar el pasado y restaurar el futuro.