Episodio 1
Después de conquistar la galaxia, la humanidad ha alcanzado su apogeo y ahora se encuentra en un declive constante. Los recursos del universo se están agotando, y alrededor de 500 mil millones de humanos comienzan a regresar a casa, a la Tierra. Así comienza una guerra entre las diversas facciones de humanos por el control del planeta. Eventualmente, un gobierno autoritario conocido como la Sanción Gaia impide la repoblación de la Tierra. El Capitán Herlock fue uno de los Élites que recibió la tarea de la Sanción Gaia de defender la Tierra. Su flota de naves era imparable bajo su mando. Sin embargo, la Sanción Gaia permite que una élite diplomática emigre a la Tierra, lo que enfurece a Herlock. Se rebela y abre fuego contra los diplomáticos y el resto de su flota. Decide desatar materia oscura sobre el planeta para hacerlo inhabitable, pero también queda envuelto en ella, lo que lo inmortaliza. Han pasado cien años y el legendario Capitán Herlock sigue en libertad, con solo el Arcadia bajo su control. La Sanción Gaia continúa con sus planes de control sobre la Tierra, mientras oculta su verdadero estado. Pero el Capitán Herlock se está preparando para un último enfrentamiento con ellos, que determinará el destino del mundo.