Cuando el estudiante universitario Keiichi Morisato marca un número equivocado mientras pide comida en su dormitorio, accidentalmente se conecta a la Línea de Diosas y una hermosa diosa llamada Belldandy aparece de un espejo frente a él. Después de ser echado del dormitorio, Keiichi y Belldandy se mudan a un antiguo santuario y poco después, las hermanas de Belldandy, Urd y Skuld, se mudan con ellos.
Los samuráis son una parte muy importante de la historia de Japón, y estar relacionado con ellos de alguna manera es probablemente una de las cosas más inspiradoras que un joven estudiante de secundaria podría esperar. La ciudad de Kawakami es bien conocida por tener muchos antepasados samuráis entre sus ciudadanos, y generalmente está rodeada de una atmósfera de espíritu combativo, lealtad y dedicación al trabajo. En Maji de Watashi ni Koi Shinasai!, los estudiantes de la Academia Kawakami utilizan este conocimiento a diario, ya sea estudiando para exámenes, compitiendo en deportes o asegurándose de cuidar muy bien sus tradiciones. Yamato Naoe es uno de esos estudiantes, y sus seis amigos más cercanos (tres chicos y tres chicas) conforman el equipo perfecto para la amistad, la rivalidad y la motivación. Sin embargo, incluso los samuráis tienen debilidades. Aunque el equilibrio y la larga amistad de su grupo han permanecido intactos durante mucho tiempo, cuando dos nuevas chicas entran en el grupo, las cosas comienzan a volverse mucho más interesantes. No solo deben mantener lo que creen que es la tradición samurái, sino que ahora también deben hacerlo con muchas "distractiones".
El mundo de Duel Monsters está evolucionando una vez más con el desarrollo de una red llamada Link Vrains y una nueva mecánica de invocación introducida como Invocación Link. Al utilizar este ciberespacio, los duelistas ahora pueden crear sus propios avatares y luchar por la gloria dentro de una realidad virtual. Sin embargo, al igual que en el mundo real, el mundo digital no está libre de guerras, conflictos y misterios. Hace años, una organización de hackers conocida como los Caballeros de Hanoi desató un ataque en Link Vrains. Liderados por el anónimo Revolver, su objetivo era aniquilar el programa de inteligencia artificial conocido como Cyberse. Después de un intento fallido, uno de sus objetivos, Ignis, logró escapar y ocultar el Cyberse en algún lugar de la red. Cinco años después, el estudiante de secundaria Yuusaku Fujiki se encuentra con un extraño programa de inteligencia artificial mientras duela en Link Vrains. Bajo la apariencia de su avatar llamado Playmaker, Yuusaku y su socio en el crimen, Shouichi Kusanagi, deciden unir fuerzas con esta peculiar existencia. Mientras busca la verdad detrás de un misterioso incidente del pasado, Yuusaku batalla contra los Caballeros de Hanoi y SOL Technologies en una carrera que podría alterar el destino del mundo.
Mientras montan con Jack Atlas y Crow Hogan, el Dragón Stardust de Yuusei Fudou es capturado por Paradox, un misterioso Duelista Turbo del futuro, durante un Duelo Turbo y se convierte en un Monstruo Sin. Con la ayuda del Dragón Carmesí, Yuusei persigue a Paradox al entrar en un deslizamiento temporal, terminando en el pasado. Durante este tiempo, Paradox duela contra Jaden Yuki, quien todavía puede usar los poderes de Yubel y el Rey Supremo. Sin embargo, para ese momento, Paradox también había capturado al Dragón Cyber End y al Dragón Arcoíris, lo que abruma a Jaden. Él es salvado gracias a Yuusei y al Dragón Carmesí. Jaden informa a Yuusei sobre las verdaderas intenciones de Paradox. Al robar varios monstruos a través del tiempo y volverlos oscuros, planea matar a Maximillion Pegasus, el creador de Duel Monsters, impidiendo que el juego sea creado y causando que los eventos de las tres series nunca ocurran. Yuusei y Jaden acuerdan perseguir a Paradox, lo que los lleva al pasado y provoca un encuentro con el Rey de los Juegos, Yuugi Mutou. Sin embargo, para cuando Yuusei y Jaden llegan, Paradox ya había atacado su tiempo, supuestamente matando a Pegasus y al abuelo de Yuugi, y también había logrado robar al Dragón Blanco de Ojos Azules y al Dragón Negro de Ojos Rojos. Después de explicarle todo a Yuugi, él acepta luchar junto a Yuusei y Jaden contra Paradox en el último duelo tres contra uno para liberar a los monstruos atrapados y salvar tanto el mundo como el tiempo mismo antes de que sea demasiado tarde.
Anubis, un antiguo mal egipcio que fue derrotado por el alter ego de Yugi hace siglos, ha regresado para vengarse. Empuñando el poder del Octavo Objeto del Milenio, Anubis está decidido a destruir a Yugi y apoderarse del mundo.
Yuugi Mutou es un estudiante de secundaria inocente y solitario que está fascinado por los juegos. Mientras se queda con su abuelo, el dueño de una tienda de juegos, se encuentra con un antiguo relicario egipcio conocido como el "Rompecabezas del Milenio". Se dice que concede cualquier deseo a aquellos que logran resolverlo, y Yuugi se determina a resolverlo para poder desear tener amigos. Después de años de esfuerzo, Yuugi logra completar el rompecabezas y de manera misteriosa descubre que su deseo se ha cumplido. Mientras tanto, un nuevo juego de cartas conocido como "Duel Monsters" comienza a ganar popularidad. En este juego, los jugadores llamados duelistas luchan entre sí con "monstruos" utilizando cartas de magia y trampas para frustrar los planes de sus oponentes. Yuugi rápidamente se vuelve hábil en el juego y vive una vida pacífica con sus nuevos amigos. Sin embargo, la paz de Yuugi es de corta duración. El duelista invicto y egocéntrico multimillonario Seto Kaiba secuestra repentinamente al abuelo de Yuugi, obligándolo a duelarse contra la rara carta "Dragón Blanco de Ojos Azules". Yuugi es lanzado a un nuevo mundo de feroces batallas y las apuestas continúan aumentando a medida que fuerzas oscuras interfieren desde las sombras. Tras derrotar inesperadamente a Kaiba con la ayuda de su "otro yo", el espíritu de un faraón sin nombre contenido en el rompecabezas, se convierte informalmente en el mejor duelista conocido como "El Rey de los Juegos". Sin embargo, este nuevo título atraerá la codicia y Yuugi tendrá que usar toda su inteligencia y voluntad para proteger lo que más quiere.
Los acosadores a menudo eligen como objetivo a alguien frágil y débil, alguien exactamente como Yuugi Mutou. Su hermosa amiga de la infancia, Anzu Mazaki, siempre está allí para defenderlo, pero él no puede depender de ella para siempre. Katsuya Jonouchi, que casi siempre está acompañado por su compañero de batallas verbales Hiroto Honda, tampoco parece ser una mala persona, a pesar de que siempre le trae problemas a Yuugi. Pero, sobre todo, Yuugi anhela un verdadero amigo que lo entienda y que nunca lo traicione. Yuugi atesora su Puzzle Milenario, un antiguo artefacto egipcio que fue traído a la tienda de juegos de su abuelo. Creyendo que resolver el rompecabezas le concederá su deseo, lo completa, desatando una nueva personalidad dentro de él: el alma del "Rey de los Juegos." Oscuro, retorcido, fuerte y confiable, la nueva personalidad llamada Yami Yuugi es todo lo contrario a Yuugi. Ante cualquier injusticia hacia él, Yami Yuugi toma el control del cuerpo de Yuugi y obliga al oponente a un "Juego de Sombras." Las apuestas son altas, ya que quien pierda deberá probar la oscuridad que reside en su propio corazón.
