El protagonista, Kurogane Yaiba, es un niño salvaje samurái que se entrena en la selva con su padre, Kenjurou. Por un giro del destino, el decidido samurái Yaiba regresa a Japón y se encuentra con su rival, Onimaru Takeshi. Yaiba, que vive para las batallas serias, se embarca en una espectacular aventura cuando Onimaru consigue la «Legendaria Espada del Demonio».
Aunque creció como huérfano, Nio Chirinu encuentra un lugar al que pertenecer: trabajar como mesero en el restaurante de su abuela adoptiva. Sin embargo, esta paz no dura mucho; Nio y su hermana Iroha son utilizados como cebo para capturar a secuestradores de niños por Toshizou Hijikata y Souji Okita, dos miembros de un infame grupo de ronin llamado Miburo. Tras el incidente, Toshizou le propone a Nio unirse a las filas de Miburo y proteger a la gente de Kioto. Frustrado por su propia debilidad, Nio entrena para igualar la destreza con la espada de sus nuevos compañeros. Aun así, lucha por ganarse la aceptación de Tarou Tanaka y Hajime Saitou, los otros miembros de Miburo de su edad. Decidido a hacerse amigo de ellos, Nio deberá descubrir su propio sentido de la justicia y volverse lo suficientemente fuerte para enfrentarse a todos sus enemigos.
Después de vivir días tranquilos en el dojo Kamiya, Kenshin Himura se encuentra en una encrucijada crucial, ya que su voto de nunca quitar una vida se pone a la prueba definitiva. Tras el asesinato de su antiguo comandante, ahora debe recorrer el camino de la violencia y la sangre para derribar a Makoto Shishio, el prodigio asesino que se hace llamar el notorio sucesor de Battousai. Con ambiciones de derrocar al gobierno Meiji y establecer su dominio en Kioto, Shishio ha planeado meticulosamente durante una década, construyendo una formidable fuerza militar antagónica al gobierno. Ahora, Shishio ha puesto su mirada en reclutar a Aoshi Shinomori, un asesino a sangre fría y antiguo líder de los legendarios guerreros del Oniwaban Group. Mientras Kenshin viaja a través de un pueblo abandonado por el gobierno y actualmente bajo el puño de hierro de los secuaces de Shishio, está decidido a evitar que el país caiga nuevamente en una guerra civil. Se alía con su antiguo rival, Hajime Saitou, formando una frágil asociación en una batalla contra el imperio de Shishio que determinará el destino de Japón.
Tokiyuki Houjou, un noble despreocupado de ocho años, está contento con la vida serena en Kamakura y muestra poco interés por las serias responsabilidades que conlleva eventualmente suceder a su padre como el próximo shogun. En lugar de dedicarse a un riguroso entrenamiento en esgrima o tiro con arco, Tokiyuki se destaca en el arte de la evasión, eludiendo hábilmente a sus consejeros y descubriendo lugares perfectos para ocultarse. Sin embargo, su existencia pacífica se ve hecha trizas cuando un repentino golpe de estado aniquila brutalmente a su clan. Abrumado por la culpa de ser el único sobreviviente, Tokiyuki contempla unirse a su familia en la muerte. Sin embargo, su destino da un giro abrupto cuando el enigmático sacerdote Yorishige Suwa lo empuja de repente al campo de batalla. Yorishige, quien profetiza que Tokiyuki un día se convertirá en un gran héroe, deja al chico sin otra opción que encontrar la manera de liberarse de los soldados enemigos. Mientras Tokiyuki lucha por sobrevivir contra estos adversarios, encuentra una nueva emoción al aumentar las apuestas de sus habituales juegos de escondite. Con un renovado sentido de propósito y la promesa de poderosos aliados de parte de Yorishige, Tokiyuki jura vengar a su familia—no a través de su capacidad para luchar, sino a través de su extraordinario talento para huir.
Adaptación de anime de la obra de teatro Touken Ranbu: Kyoden Moyuru Honnouji.
Shizuma Origasa, una vez un renombrado samurái en el Dominio Aizu, ha caído en tiempos difíciles tras la aplastante derrota de su región natal contra el nuevo gobierno imperial. Para salir adelante, Shizuma ahora trabaja como tirador de rickshaw en Tokio. Mientras tanto, busca incansablemente a su prometida desaparecida, Sumie Kanomata, la hermana menor de su cercano amigo Gennosuke, quien confió a Shizuma su seguridad en sus últimos momentos. Después de frustrar un complot de asesinato, Shizuma es contratado por la fuerza policial, y aprovecha esta oportunidad para continuar su búsqueda de Sumie. Sin embargo, pronto se encuentra atrapado en un torbellino de conspiraciones políticas que involucran a leales al gobierno, rebeldes persistentes, astutas cortesanas, extranjeros entrometidos e incluso a un misterioso miembro de la yakuza, Kyoushirou Shuragami.
A finales del siglo XIX, mientras los crueles tiempos del período Bakumatsu llegaban a su fin, una nueva era Meiji marcaba la época de restauración para Japón. Con la guerra terminada, su infame héroe Hitokiri Battousai desapareció en el aire, dejando solo su leyenda atrás. Años después, un aparentemente común vagabundo llamado Kenshin Himura se encuentra con Kaoru Kamiya, la propietaria de un dojo local en apuros en Tokio. Kaoru persigue a un autoproclamado Battousai que recorre las calles, matando indiscriminadamente a ciudadanos y policías. Además, el guerrero profesa utilizar el Kamiya Kasshin-ryu, un estilo de espada desarrollado por el padre de Kaoru, profundamente arraigado en la esencia de la vida, no en la muerte. Kenshin decide ayudar a Kaoru a derribar al impostor y restaurar el dojo de su padre. Sin que nadie lo sepa, Kenshin no es otro que el verdadero guerrero cuyo nombre todavía aterra a la gente. Aunque Kaoru eventualmente descubre la verdad, su voto de expiar su historia de asesinatos protegiendo sin derramar sangre a los débiles la conmueve, y le da la bienvenida a Kenshin para que se quede en su dojo. Sin embargo, los ideales de Kenshin pronto son desafiados por fantasmas del pasado y enemigos del presente.
Sentenciado a muerte, el ninja Gabimaru el Vacío se encuentra apático. Después de llevar una vida empapada de sangre, Gabimaru cree que merece morir. Sin embargo, cada intento de ejecutarlo fracasa inexplicablemente. Finalmente, Sagiri Yamada Asaemon, un miembro novato de un famoso clan de verdugos, es solicitado para quitarle la vida a Gabimaru; sin embargo, Sagiri no hace ningún movimiento para matarlo como se le pidió. Insistiendo en que Gabimaru no morirá debido a su amor por su esposa, Sagiri en cambio le ofrece la oportunidad de obtener un indulto completo por sus crímenes. Si puede viajar a la isla de Shinsekyo y obtener el Elixir de la Vida—que supuestamente otorga la inmortalidad—y traerlo de regreso para el shogun, entonces su libertad estará asegurada. Pero de los muchos que han viajado a Shinsekyo en busca del mítico Elixir, ninguna persona ha regresado en pleno uso de sus facultades, por lo menos. Aunque no es consciente de los numerosos peligros que le esperan, Gabimaru decide aceptar la oferta—junto a otros diez condenados a muerte—con la esperanza de que él y su esposa finalmente puedan vivir en paz.
Después de que Musashi rescata a Michiru Saruwatari de un demonio, su amigo Kojirou Kanemaki descubre que su padre era miembro del clan Uesugi. Decidido a aprender más sobre su propio pasado, Kojirou—junto a sus compañeros del clan Kanemaki—decide participar en la expedición punitiva de Uesugi contra el señor demonio de la isla Awaji: Yamata no Orochi, un dragón de ocho cabezas que amenaza con engullir toda la región. Sin embargo, al unirse a la alianza militar de Uesugi, Musashi enfrenta la dura realidad de luchar contra poderosos demonios. Humillado por su falta de poder e incapacidad para trabajar en grupo, debe aprender a cooperar con sus nuevos aliados. Mientras tanto, los Ocho Obsidiana—un grupo que busca a la Diosa Obsidiana que habita dentro del cuerpo de Musashi—reanuda su cacería y planea frustrar la operación en la isla. A medida que la situación se vuelve caótica, Musashi y sus amigos deben frustrar las maquinaciones de las diversas facciones que conspiran para apoderarse de la Diosa Obsidiana.
Liberados del dominio de los samuráis hace 150 años, el pueblo de Hinomoto vive vidas pacíficas y venera a sus liberadores—demonios cuyas verdaderas formas siguen siendo esquivas—como dioses. Destinado a extraer rocas para que los demonios se deleiten, Musashi conoce la sombría verdad: la humanidad está esclavizada por estos seres de otro mundo y los samuráis son el último bastión luchando por la libertad. Ocultando su verdadera opinión a sus compañeros y distanciándose de su amigo de la infancia Kojirou Kanemaki, Musashi vive angustiado hasta el día de su graduación. Cuando los recién graduados llegan a la mina, se horrorizan al ver el trato inhumano hacia los mineros y la inquietante apariencia física de sus supervisores. Sin embargo, Musashi logra soportar gracias a la ayuda de Kojirou. Mientras el líder demoníaco causa estragos en la cantera, Musashi es salvado una vez más de una muerte segura por el clan samurái Takeda. Recuperándose de la humillación y anhelando aventuras, Musashi se embarca en un viaje para convertirse en samurái y formar su propio clan.
Han pasado dos años desde la invasión del Tendoshuu al Terminal Central de O-Edo. Desde entonces, los Yorozuya han tomado caminos diferentes. Previendo el regreso de Utsuro, Gintoki Sakata comienza a investigar las líneas ley de la Tierra en busca de rastros del Altana del otro hombre. Tras un encuentro con los remanentes del Tendoshuu—que siguen adelante en su búsqueda de la inmortalidad—, Gintoki regresa a Edo. Más tarde, el Shinsengumi reagrupado y los Yorozuya inician un ataque al Terminal Central ocupado. Con el Altana cosechado de los restos de la nave del Tendoshuu en peligro de detonar, los Yorozuya y sus aliados luchan contra sus enemigos mientras la seguridad de Edo—y del resto del mundo—está en juego. Cumpliendo los deseos de su maestro, los antiguos alumnos de Shouyou Yoshida se unen y reviven sus pasados una última vez en un intento por salvar sus futuros.
La historia tiene lugar en Japón. El año es 2030 y la Tierra ha sido completamente invadida por una enfermedad viral llamada "Gibia" que transforma a las personas infectadas en varios monstruos diferentes, según su edad, sexo y raza. Un samurái y un ninja del temprano periodo Edo viajan juntos a través del tiempo y llegan a un Japón en ruinas para ayudar a un profesor que trabaja en una cura para el virus. Juntos, luchan contra innumerables monstruos Gibia, forajidos y otros feroces enemigos en su viaje para salvar a la humanidad.
Manji es un famoso espadachín en el Japón feudal conocido como el "Asesino de Cien Hombres", ya que ha matado a cien hombres inocentes. Sin embargo, hay algo mucho más aterrador que su ominosa reputación: el hecho de que es inmortal. Esto es obra de una monja de ochocientos años llamada Yaobikuni, quien colocó gusanos de sangre capaces de curar casi cualquier herida en el cuerpo de Manji. Para expiar sus crímenes, Manji se propone matar a mil hombres malvados. Yaobikuni acepta esta propuesta, diciendo que si tiene éxito, ella deshará su maldición de inmortalidad. Poco después de esta promesa, Manji conoce a Rin Asano, una chica de 16 años que solicita la ayuda de Manji para matar a quienes masacraron a sus padres. Inicialmente reacio, Manji rechaza la desesperada súplica de Rin. Sin embargo, debido a su evidente falta de fuerza, Manji cambia de opinión y acepta proteger a Rin durante cuatro años. Con esta colaboración establecida, ambos emprenden un peligroso camino de derramamiento de sangre, venganza y redención, cada uno para cumplir su propia causa en la vida.
El Bakumatsu fue una era en la que las almas de los jóvenes ardían con ansiedad por el futuro de su país. Takasugi Shinsaku, un soldado de fortuna de Choshu, se infiltra a bordo de un barco del gobierno junto a su compañero Katsura Kogorou en busca de un misterioso "reloj" con el poder de manipular el tiempo que teme que el gobierno desea mantener para sí mismo. En lugar de permitir que tal poder caiga en manos equivocadas, Takasugi planea destruir el artefacto, pero una vez que lo ha obtenido, el artefacto es rápidamente robado, lo que obliga a la pareja a seguir al misterioso ladrón hasta el asiento del gobierno en Kioto. Sin embargo, al llegar a la capital, descubren que el gobierno ha sido derrocado y que la deidad Susanoo reina en su lugar. Las calles de la ciudad y la gente que las habita son muy diferentes de lo que Takasugi y Katsura recordaban. Los tiempos pueden haber cambiado, pero su misión no: Takasugi y Katsura se resuelven a reiniciar el tiempo y salvar a su nación de las fuerzas nefastas que intentan secuestrarla.
El codicioso señor samurái Daigo Kagemitsu ve cómo sus tierras están muriendo, y haría cualquier cosa por el poder, incluso renunciar a Buda y hacer un pacto con demonios. Sus oraciones son atendidas por 12 demonios que le otorgan el poder que desea ayudando al crecimiento de su prefectura, pero a un precio. Cuando nace el primer hijo de Kagemitsu, el niño no tiene extremidades, ni nariz, ni ojos, ni oídos, ni siquiera piel, sin embargo, sigue vivo. Este niño es desechado en un río y olvidado. Pero, como lo dictan las circunstancias, es salvado por un curandero que le proporciona prótesis y armas, permitiéndole sobrevivir y valerse por sí mismo. El niño vive y crece, y aunque no puede ver, oír ni sentir nada, debe derrotar a los demonios que lo tomaron como sacrificio. Con la muerte de cada uno, recupera una parte de sí mismo que le pertenece por derecho. Durante muchos años vaga solo, hasta que un día un niño huérfano, Dororo, se hace su amigo. Este improbable par de marginados ahora lucha por su supervivencia y humanidad en un mundo implacable, infestado de demonios.
El año es 1274. Después de conquistar la mayor parte del mundo conocido, los mongoles dirigen su mirada hacia Japón y su primer paso en el camino hacia una invasión completa de la isla es tomar la isla de Tsushima. Kuchii Jinzaburou y un grupo de exiliados son enviados por el Shogunato de Kamakura a la isla a solicitud de la Princesa Teruhi. ¡Allí se enfrentarán a probabilidades abrumadoras y se decidirá el destino de Tsushima!
Tras la retirada temporal del Ejército de Liberación Altana del Distrito Kabuki, el estado de la guerra ha mejorado aparentemente. Sin embargo, mientras los Oniwaban, Shinsengumi y los residentes del distrito combaten los restos del ejército, el mayor inventor de Edo, Gengai Hiraga, es secuestrado. Responsable de causar la retirada del enemigo al inutilizar sus armas, el virus de nanomáquinas de Gengai ahora corre el riesgo de ser desactivado. Mientras tanto, un láser capaz de aniquilar un planeta se activa en la órbita de la Tierra en la nave nodriza del Ejército de Liberación. Se desencadena otra batalla cuando Shinsuke Takasugi y el resto del Kiheitai llegan a la nave para detener el disparo del arma. Obligados a luchar en dos frentes, los Yorozuya y sus aliados deben prevalecer en ambos lados para salvar a Edo y al resto del mundo.
Después de la feroz batalla en Rakuyou, el pasado desconocido y el verdadero objetivo del inmortal líder Naraku, Utsuro, son finalmente revelados. Al corromper las reservas de Altana de varios planetas, Utsuro ha logrado provocar la intervención del mayor enemigo de Tendoshuu: el Ejército de Liberación de Altana. Con la Tierra como el principal campo de batalla en esta guerra interplanetaria, el plan maestro de Utsuro para destruir el planeta—y a sí mismo—está casi completo. Un ataque al Terminal Central O-Edo marca el comienzo de la batalla final para recuperar la tierra de los samuráis. Con el Yorozuya fuera de vista, el bakufu prácticamente colapsado y el Shogun desaparecido, la gente queda completamente indefensa mientras el Ejército de Liberación comienza a saquear Edo en nombre de liberarlos del dominio de Tendoshuu. Atrapados en el fuego cruzado entre dos fuerzas igualmente imponentes, ¿podrán Gintoki, Kagura, Shinpachi y los antiguos estudiantes de Shouyou Yoshida dejar de lado sus diferencias y unir a sus aliados para proteger lo que más quieren?
Después de los sombríos eventos de Iga, la Isla Kokujou, Rakuyou y múltiples confrontaciones infructuosas con el Tenshouin Naraku y el Tendoshuu, Gintama. Porori-hen lleva a sus espectadores a un viaje por el camino de la memoria, cuando el Yorozuya se dedicaba principalmente a lo que mejor sabía hacer: trabajos ocasionales. El gran cazador del espacio Umibouzu ha regresado a Edo y está furioso al descubrir que su hija Kagura tiene novio. Él culpa a Gintoki por ser un guardián incompetente, ¿pero ha llegado finalmente el momento de dejar ir a su hija? Con parodias descaradas, humor subido de tono y una camaradería animada, Gintoki, Kagura y Shinpachi se enfrentan a situaciones inesperadas que logran ser tanto hilarantes como emocionalmente conmovedoras.
Después de unirse a la resistencia contra el bakufu, Gintoki y el grupo están escondidos, junto con Katsura y sus rebeldes Joui. La Yorozuya pronto recibe la visita de Nobume Imai y dos miembros del Kiheitai, quienes explican que los piratas Harusame se han vuelto en contra del Capitán de la 7ª División Kamui y su antiguo aliado Takasugi. El Kiheitai le presentan a Gintoki un trabajo: encontrar a Takasugi, que ha estado desaparecido desde que su barco fue emboscado en una incursión de los Harusame. Nobume también hace una revelación impactante sobre el Tendoushuu, una organización secreta que maneja los hilos de numerosas facciones, y su líder Utsuro, la figura enigmática que se asemeja inquietantemente al antiguo maestro de Gintoki. Aprovechando un viaje en la nave espacial de Sakamoto, la Yorozuya y Katsura se dirigen a Rakuyou, el planeta natal de Kagura, donde se han reunido las diversas facciones y las tensiones están en aumento. Viejas rencillas, luchas políticas y el siniestro plan general del Tendoushuu culminan finalmente en una masiva y decisiva batalla en Rakuyou.
