Flash Back 2012 es el concierto de despedida de Minmei. Con algunas de sus mejores canciones, la música se interpreta sobre varias escenas y eventos tomados de la serie de televisión Macross, así como de Macross "Do You Remember Love". También se incluye una secuencia de cierre recién animada que muestra el lanzamiento de la nave colonia de Misa, el Megaroad-01, al espacio.
El año es 2032, siete años después de que el Segundo Gran Terremoto de Kanto diezmara Tokio. Ahora, la ciudad renace como MegaTokyo, construida a partir de los trabajos de bestias mecánicas conocidas como "Boomers". Originalmente creados para beneficiar a la humanidad, la misteriosa corporación conocida como Genom ahora produce Boomers con un increíble poder destructivo como un nuevo tipo de armamento avanzado, capaz de disfrazarse como humanos. La AD Police es una nueva unidad especial creada para contrarrestar los cada vez más numerosos crímenes relacionados con Boomers. Abrumada por la enorme cantidad de delitos y la disparidad de fuerzas, la AD Police representa poca oposición ante los Boomers. Una misteriosa fuerza de vigilantes conocida como los Knight Sabers, que usa trajes de poder más avanzados que los militares, es la única esperanza de protección para los ciudadanos. Lideradas por Sylia Stingray, Priscilla "Priss" Asagiri, Nene Romanova y Linna Yamazaki, estas hermosas chicas eliminan a cualquier Boomer que se salga de la línea.
Después de desplazarse a años luz de la Tierra, la nave espacial Macross lleva a casa una ciudad de civiles y soldados. Luchan continuamente contra la amenaza de los Zentradi y Meltrandi, razas alienígenas gigantes con las que la humanidad está en guerra. Durante una batalla, el Macross se transforma en un mecha operado por el piloto de caza Hikaru Ichijou. Enfrentándose a numerosas dificultades, Hikaru se une al ídolo de la ciudad, Minmay Lynn. Sin embargo, a medida que su relación se desarrolla, es vista desfavorablemente por otros debido al estatus y la popularidad de Minmay. Con la guerra desatada y el estado de la Tierra desconocido, Hikaru y sus compañeros soldados continúan luchando contra sus misteriosos enemigos. A lo largo del derramamiento de sangre, Hikaru y Minmay intentan mantener sus sentimientos el uno por el otro. Minmay pone su corazón en su música, que podría ser la clave para encontrar la paz.
Después de que una misteriosa nave espacial choca contra la Tierra, la humanidad se da cuenta de que no están solos. Temiendo una potencial amenaza desde el espacio, el mundo deja de lado su nacionalismo, intereses conflictivos y diferencias culturales, uniéndose bajo la bandera de las Naciones Unidas. Las recién formadas fuerzas de la ONU deciden adaptar la nave espacial alienígena, nombrándola SDF-1 Macross. Desafortunadamente, en el día de su primer viaje, una flota de naves espaciales pertenecientes a una raza de alienígenas conocidos como los Zentradi descienden sobre la Tierra, y el SDF-1 Macross, actuando por su propia cuenta, derriba el escuadrón entrante, desatando una guerra intergaláctica. En un intento de escapar, el Macross intenta lanzarse a la órbita de la Luna, pero la nave—al igual que la ciudad en la que se encontraba—es teletransportada a los confines del espacio. En medio de este lío están Hikaru Ichijou, un piloto acrobático de espíritu libre, y Minmay Lynn, una cantante aspirante. Estos dos, junto con la tripulación del Macross, experimentan una épica travesía llena de tristeza y drama, enfrentándose a las crueldades de la guerra en el camino.
Expulsada a los rincones más lejanos de la galaxia, la tripulación de la Nave Solo enfrenta probabilidades imposibles de supervivencia. Con la Tierra destruida y los remanentes del Clan Buff llevándolos al límite, el Ideon se presenta como la última línea de defensa para los desgastados restos de la humanidad. Mientras las tensiones de su última resistencia pesan en sus mentes, el Capitán Bes Jordan y el piloto Cosmo Yuuki luchan contra el tiempo para proteger su última oportunidad de sobrevivir, incluso cuando la desesperación consume las mentes de sus seres queridos. Utilizando cualquier arma que les quede a su disposición, la tripulación pelea desesperadamente para protegerse en los fríos garras del espacio, castigados con un duelo final contra Harulu Ajiba, quien ahora está desesperada por recuperar el honor perdido a los ojos de su padre.
Rastreando el universo en busca de conocimiento, la humanidad ha descubierto tres grandes camiones y una nave espacial gigante que pertenecen a una civilización alienígena extinta en el planeta Solo. Durante su excavación, una raza alienígena humanoide conocida como el Clan Buff llega a Solo, y Karala Ajiba—hija del líder militar del Clan Buff—baja al planeta desobedeciendo órdenes. Al buscar a Karala, el Clan Buff ataca y destruye el asentamiento terrestre para recuperarla. Desesperados por detener a sus agresores, los terrícolas Cosmo Yuuki, Kasha Imhof y Bes Jordan abordan los camiones, que se combinan para formar el poderoso robot gigante Ideon. Mientras luchan contra sus enemigos, los sobrevivientes restantes abordan la nave espacial Solo Ship y huyen, mientras el Clan Buff busca incansablemente a Ideon y la misteriosa fuente de energía que contiene.
La humanidad ha viajado a las estrellas y se ha encontrado con varias civilizaciones alienígenas, ahora muertas desde hace mucho tiempo. Al descubrir los restos arqueológicos de una de estas civilizaciones en el planeta Solo, la humanidad finalmente tiene su primer encuentro con una especie alienígena viva: el Clan Buff. Cuando Karala Ajiba, la hija del líder militar del Clan Buff, pisa la superficie de Solo, el Clan Buff lanza un brutal asalto a la colonia para recuperarla. Para escapar, Cosmo Yuki, Kasha Imhof y Bes Jordan suben a bordo de tres camiones, que pronto se transforman en el gigantesco robot humanoide Ideon. Cuando el asentamiento en Solo es destruido, los sobrevivientes abordan una nave espacial recién descubierta—la Nave Solo—y huyen, esforzándose por alejarse de los alienígenas y finalmente encontrar paz. Sin embargo, el implacable Clan Buff sigue en una persecución acérrima y no se rendirá tan fácilmente.
